Τα spa ξενοδοχεία στα Χανιά προσφέρουν έναν συνδυασμό χαλάρωσης και πολυτέλειας, είτε στην παλιά πόλη είτε σε παραθαλάσσιες περιοχές. Οι τιμές ξεκινούν από περίπου 100€ τη βραδιά για ένα δίκλινο, ενώ οι πιο πολυτελείς επιλογές φτάνουν τα 300€. Οι επισκέπτες μπορούν να απολαύσουν χαμάμ, σάουνες, εσωτερικές πισίνες και γυμναστήρια, ενώ πολλά ξενοδοχεία παρέχουν δωρεάν Wi-Fi και χώρο στάθμευσης.
Ανάμεσα στα κορυφαία ξενοδοχεία ξεχωρίζουν το Halepa Hotel στη συνοικία Χαλέπα με δωρεάν πάρκινγκ και εξαιρετικό πρωινό, το Casa Delfino Hotel & Spa στην παλιά πόλη με μαρμάρινο χαμάμ, και το Galini Sea View στην Αγία Μαρίνα με ιδιωτική παραλία και εσωτερική πισίνα. Το Lagon Life Spirit Boutique Hotel και το Chania Flair Boutique Hotel απευθύνονται σε ενήλικες, ενώ το Monastery Estate Venetian Harbor προσφέρει αυθεντικό τουρκικό χαμάμ σε ένα 16ου αιώνα αρχοντικό.