Τα boutique hotels στα Χανιά συνδυάζουν ιστορική γοητεία με σύγχρονες ανέσεις, προσφέροντας διαμονή σε προνομιακές τοποθεσίες. Οι επισκέπτες μπορούν να επιλέξουν ανάμεσα στην ήσυχη συνοικία Χαλέπα, στο κέντρο της πόλης δίπλα στο ενετικό λιμάνι ή στη γραφική παλιά πόλη. Οι τιμές ποικίλλουν, με επιλογές για κάθε προϋπολογισμό, ενώ πολλά ξενοδοχεία διαθέτουν πισίνα, σπα, γυμναστήριο και δωρεάν πρωινό. Συνιστάται έγκαιρη κράτηση, ιδιαίτερα την υψηλή περίοδο.
Το Halepa Hotel, στη συνοικία Χαλέπα, παρέχει δωρεάν πάρκινγκ, σπα και δωμάτια με μοντέρνα άνεση, κατάλληλο για επαγγελματίες και οικογένειες. Το Samaria Hotel, στο κέντρο της πόλης, διαθέτει πισίνα, γυμναστήριο και εξαιρετικό πρωινό, με βαθμολογία 93/100. Το Casa Delfino Hotel & Spa, ένα βενετσιάνικο αρχοντικό του 17ου αιώνα στην παλιά πόλη, προσφέρει πολυτελή δωμάτια, σπα και βεράντα με θέα στο λιμάνι, με βαθμολογία 94/100 και ανήκει στη συλλογή Small Luxury Hotels of the World.