Τα ξενοδοχεία με σπα στο Ρέθυμνο συνδυάζουν τη χαλάρωση με την κρητική φιλοξενία. Συναντώνται κυρίως κατά μήκος της παραλίας και στην παλιά πόλη, προσφέροντας εύκολη πρόσβαση σε παραλίες και αξιοθέατα. Οι τιμές ξεκινούν από μεσαία κατηγορία (περίπου 80€/βραδιά) έως πολυτελή resort. Οι επισκέπτες απολαμβάνουν ιδιωτικές παραλίες, πισίνες, γυμναστήρια, και ολοκληρωμένες υπηρεσίες σπα και ευεξίας. Πολλά ξενοδοχεία διαθέτουν εστιατόρια με κρητική κουζίνα και προγράμματα για παιδιά.
Ανάμεσα στις κορυφαίες επιλογές ξεχωρίζουν το Nautilux Rethymno (βαθμολογία 95) για την παραλιακή του θέση και το πολυτελές σπα, το Rimondi Boutique Hotel (91) με τουρκικό λουτρό και πισίνα στην παλιά πόλη, και το Aquila Porto Rethymno (86) με τρεις πισίνες και ιδιωτική παραλία. Για οικογένειες, το Creta Palace (87) και το Grecotel Marine Palace (88) προσφέρουν aqua park και παιδικές δραστηριότητες. Το Menta City Boutique Hotel (93) αποτελεί οικονομική επιλογή με μικρό σπα στο κέντρο. Κάθε ξενοδοχείο καλύπτει διαφορετικές ανάγκες, από ρομαντικές αποδράσεις έως οικογενειακές διακοπές.