Στο Ρέθυμνο, οι ταξιδιώτες με περιορισμένο προϋπολογισμό μπορούν να βρουν πολλές οικονομικές επιλογές διαμονής. Τα φθηνά ξενοδοχεία στην πόλη προσφέρουν βασικές ανέσεις όπως δωρεάν WiFi, κλιματισμό και συχνά πισίνα. Πολλά βρίσκονται σε κεντρικές περιοχές όπως η Παλιά Πόλη και το λιμάνι, ενώ άλλα είναι κοντά στην παραλία. Οι τιμές ξεκινούν από περίπου 40€ τη βραδιά, ανάλογα με την εποχή. Συμβουλή: κλείστε νωρίς για καλύτερες προσφορές.
Ανάμεσα στα κορυφαία οικονομικά καταλύματα ξεχωρίζουν το Pepi Boutique Hotel (μόνο για ενήλικες) με πισίνα και εξαιρετικό πρωινό, το Menta City Boutique Hotel με γυμναστήριο και σπα, και το Fortezza Hotel στην καρδιά της Παλιάς Πόλης με δωρεάν WiFi και μπαρ. Για οικογένειες, το Rethymno Village προσφέρει δύο πισίνες και εστιατόριο, ενώ το Palm Beach Hotel Apartments βρίσκεται ακριβώς πάνω στην παραλία. Όλα τα ξενοδοχεία έχουν υψηλές βαθμολογίες επισκεπτών.