Στα Κουφονήσια, τα οικονομικά δωμάτια αποτελούν ιδανική επιλογή για ταξιδιώτες που θέλουν άνετη διαμονή χωρίς υψηλό κόστος. Τα περισσότερα βρίσκονται κοντά στην παραλία Μεγάλη Άμμος και στο λιμάνι, προσφέροντας εύκολη πρόσβαση σε ταβέρνες και καταστήματα. Οι τιμές ξεκινούν από χαμηλά επίπεδα, ενώ οι παροχές περιλαμβάνουν δωρεάν WiFi, δωρεάν στάθμευση, και σε πολλές περιπτώσεις βεράντα με θέα στο Αιγαίο. Πολλά από αυτά διοικούνται από οικογένειες καί διατηρού ν υψηλά στάνταρτ καθαριότητας.
Ανάμεσα στις κορυφαίες επιλογές ξεχωρίζουν το Villa Ostria (βαθμολογία 92) με μορφή apart hotel καί βεράντα, τα Studios Venetsanos (94) με πλήρως εξοπλισμένη κουζίνα, το Keros Art Hotel (97) με πισίνα, μπούφε πρωινού καί Δωρεάν μεταφορά, καί το Νektarios Fanos Studios (81) με απευθείας πρόσβαση στην παραλία Φάνος. Για ζευγάρια καί οικογένειες, τα δωμάτια αυτά προσφέρουν ησυχία, πρακτικότητα καί εξαίρετική σχέση ποιότητας-τιμής. Σύμφωνα με τισ κρατήσεισ, τα περισσότερα έχουν δωρεάν ακύρωση, γεγονός που δίνει ευελιξία στο χρήστη. Προτείνεται έγκαιρη κράτηση γα τη θερινή περίοδο, ιδίαίτερα γα τα πιο δημοφιλή καταλύματα που γεμίζουν γρήγορα.