Τα ξενοδοχεία με σπα στα Ιωάννινα προσφέρουν υψηλού επιπέδου υπηρεσίες ευεξίας, από σάουνες και χαμάμ μέχρι θερμαινόμενες πισίνες και θεραπείες μασάζ. Οι τιμές ξεκινούν από περίπου 80 ευρώ τη βραδιά για τετράστερα καταλύματα, ενώ οι πεντάστερες επιλογές ξεπερνούν τα 150 ευρώ. Τα περισσότερα βρίσκονται κοντά στο κέντρο της πόλης ή δίπλα στη λίμνη Παμβώτιδα, προσφέροντας εύκολη πρόσβαση στο κάστρο και την παραλιακή ζώνη. Οι επισκέπτες μπορούν να συνδυάσουν την επίσκεψη σε σπα με περιηγήσεις στα Ζαγοροχώρια ή στο αρχαίο θέατρο της Δωδώνης.
Ανάμεσα στα κορυφαία ξενοδοχεία με σπα ξεχωρίζει το Kamares Historic Boutique Hotel & Spa (βαθμολογία 9.7), ένα ιστορικό αρχοντικό του 18ου αιώνα με μοντέρνο σπα, τζακούζι και παραδοσιακό χαμάμ. Το Hotel Du Lac Congress Center & Spa (βαθμολογία 9.3) βρίσκεται ακριβώς δίπλα στη λίμνη, διαθέτει σάουνα, ατμόλουτρο και πισίνα, και απέχει 15 λεπτά με τα πόδια από το κέντρο. Το Epirus Palace Congress & Spa (βαθμολογία 9.2) εντυπωσιάζει με την τεράστια εξωτερική πισίνα 500 τ.μ. και το γυμναστήριο. Για οικογένειες, το Grand Serai Congress And Spa προσφέρει θεματικά δωμάτια και εποχιακή λειτουργία σπα.